一是项目立项实行招投标制。财政部门会同主管部门将项目资金的投向、用途、投资规模及项目立项条件、形式、要求以项目指南的形式予以发布。项目单位按要求编制项目建设方案，填制财政部制发的《财政农业专项资金管理标准文本》，向财政部门和主管部门进行立项投标。财政部门和主管部门对投标的项目方案进行审查和评估论证，筛选出符合条件的项目，经政府领导批准后立项实施。
二是项目实施实行项目合同制。项目确定后，由当地财政部门和主管部门与项目单位签订项目合同书，明确各自的权利和责任。项目合同书详细规定项目的实施内容、建设要求、时间进度、资金来源及用途、实施措施等条款，确保项目顺利实施完成。
三是资金管理实行报账制。对重点项目资金统一实行县级财政报账制。报账部门根据项目合同支出预算进行报账、拨付报账资金，并实行项目资金按项目进度拨付制度，预留10％的报账资金，待项目完成验收合格后拨付。
四是项目竣工验收实行审计制。项目完工后，项目单位聘请中介机构进行工程造价审计和财务决算审计，并出具审计报告。财政部门和主管部门严格项目竣工验收标准，对项目未完成的，或资金管理不合格的，督促项目单位限时整改。
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